Конечно за нового работника отвечает руководитель, т.к. он ставит задачи, понимает результативность их выполнения. И некоторые компании оставляют принятие решение за руководителем.
Но на практике все зависит от уровня должности, от корпоративной культуры в компании, от того, как регламентирован процесс адаптации и от рисков, которые компания может понести при неправильном решении.
Если уровень должности достаточно высок (N, N-1, Топ и т.д.), то решение может принимать и собственник компании.
Если вопрос спорный, руководитель предвзято относится к работнику или, наоборот, завышает результаты работника, то здесь необходимо объективное решение с привлечением экспертов, верхнеуровневых руководителей, HRов. И здесь решение будет комиссионным и, допустим, может быть принято путем голосования.